從2010年4月1日起，歐洲專利局(下稱EPO)之行政理事會於2009年所增修關於歐洲專利申請之規定開始實施。新制上路後，EPO基於加速專利審查速度之美意，將迫使申請人不得不跟著配合其步調及遵守相關規定。申請人將無法再無限期地申請分割案；EPO也不再逐一檢索每組獨立項，而是由申請人指定其欲被檢索之獨立項；申請人答辯的次數原則上也被修正為一次，並且必須在EESR公布後便必須做出答辯，而不是等到第一次審查意見通知之後才作答辯。以下將介紹此次修法之重點，以期申請人能充分了解新版專利申請之限制，避免於申請過程中遭受突襲性之裁定。
一、強制回應官方之延伸歐洲檢索報告（Extended European Search Report）（新法第70a,161條）
於舊制下，EPO於檢索一申請案後，便會將資料整理成一檢索報告，並附加官方意見。檢索報告與官方意見便合稱延伸歐洲檢索報告(下稱EESR)。當延伸歐洲檢索報告公布時，申請人對其是否答辯擁有選擇權，可答辯或不答辯。在新制下，申請人必須答辯EESR，否則申請案將被撤銷。而答辯EESR之期限將視申請案之類型而有所不同，分為底下三種類型：
若申請案係申請人直接向EPO提起，申請人必須於EESR公布後六個月內，向EPO提起答覆。
若申請案係申請人先申請PCT案之後向EPO申請進入歐洲階段(簡稱Euro-PCT)，且EPO係該PCT案之指定國際檢索機構（ISA）。此時由於Euro-PCT案已於國際階段由EPO檢索過了，因此當申請案進入歐洲階段，EPO將不再進行檢索，並會強制申請人對EESR作出答辯，此時申請人只有一個月的答辯時間。此外，若申請案於PCT國際階段，申請人有指定EPO作為國際初步審查機構(IPEA)，EPO便會作成一國際初步審查報告(IPER)，同樣地當申請案進入歐洲階段時，EPO將要求申請人於一個月之內作出答辯。
若申請案係Euro-PCT案，但EPO並非為ISA，此時即使該Euro-PCT案於國際階段已由其他非EPO之ISA檢索過了，案件進入歐洲階段之後，EPO仍然會重新檢索，並作成EESR，此時申請人回應EESR的期限與提起實審之期限相同，通常為2個月。
針對過渡時期之因應措施，上述１和3規定適用於2010年4月1日開始才由EPO審查委員撰寫檢索報告之專利申請案。上述第2項之規定適用於2010年4月1日開始才收到官方要求答辯通知之專利申請案。
二、分割案申請時限之限制（新法第36條）
於舊制下，申請人對於任何申請中之專利申請案，皆可提起分割案。新制上路後，其申請期限之限制主要分為以下兩點：
主動申請：申請人若欲主動申請分割案，其期限為EPO針對母案發出第一次審查意見通知(First communication)起2年內。若有多重分割案欲申請，其期限皆以最原始母案（the earliest application）起算。
被動申請：官方以申請案不具發明單一性為由，要求申請人提起分割案，其期限為EPO針對較早申請案（the earlier application）發出不具單一性通知起2年內。
承上，只要申請人在提出申請時符合上述(1)或(2)之任一者，即可申請分割案。針對過渡時期之因應措施：新法施行後，若專利案分割期限早於2010年10月1號，一律延長至2010年10月1號；反之，若專利案分割期限晚於2010年10月1號，適用新法之規定。
三、當專利申請案包含數個獨立項時，申請人將被要求選定欲被檢索之獨立項（新法第62a條）
不似台灣的專利申請，歐洲專利申請案在正常的情況下僅允許每一標的類別（例如：裝置或方法）中包含有一組獨立項，也就是說申請案中若含有兩組針對裝置類別的獨立項通常是不被允許的。於舊制下，如果單一類別包含數獨立項，這些獨立項仍會被先行檢索。但是，實務上在進入到實際審查階段時，申請人通常將會被要求刪除或撤回其獨立項的數目，使得單一類別只能包含一組獨立項。
新制上路後，一旦發現一申請案之單一類別包含數獨立項時，EPO將發函給予申請人兩個月之期限，要求陳述其申請案符合「歐洲專利法施行細則第43(2)條」之理由，並要求其指定部分或全部之獨立項予EPO進行檢索。如果申請人於期限內答覆，EPO將對申請人所選定之獨立項進行檢索。如果申請人未於期限內答覆，EPO將只針對第一組獨立項進行檢索，且往後進入實審階段時，未被檢索之獨立項將不會被審查。針對過渡時期之因應措施，上述規定適用於2010年4月1日開始才由EPO審查委員撰寫檢索報告之專利申請案。
四、當申請案難以檢索時，申請人將被通知要求進一步說明（新法第63條）
於舊制下，當一申請案因某種原因導致檢索困難時，例如專利說明書不明確、實施例太多等，EPO將在可能的範圍內盡量檢索，並不會通知申請人。在新制下，當EPO發現一申請案檢索困難時，EPO將發函給予申請人兩個月之期限，要求申請人提供進一步之說明。如果申請人之說明能解決檢索困難之問題，檢索將照一般程序進行。如果仍無法解決問題，EPO將根據申請人之說明盡可能地檢索，並且將申請案之請求範圍限縮至檢索範圍。針對過渡時期之因應措施，上述規定適用於2010年4月1日開始才由EPO審查委員撰寫檢索報告之專利申請案。
五、對於申請人答辯修正次數之限制（新法第137條）
於舊制下，申請人在收到延伸歐洲檢索報告（EESR）通知之後，能夠針對不符合規定之部分進行答辯修正，申請人亦可於收到第一次審查意見通知時依法再進行一次答辯修正。新制上路後，申請人只能夠在收到EESR通知之後，進行一次答辯修正。之後即使收到第一次審查意見通知，申請人必須提出合理的理由說服審查委員才能作第二次答辯修正。簡言之，申請案能不能夠再作答辯修正是取決於審查委員的決定。針對過渡時期之因應措施，上述規定適用於2010年4月1日開始才由EPO審查委員撰寫檢索報告之專利申請案。
六、結語
從上述規定中可以了解到新制加諸了許多專利申請、答辯之限制於申請人，因此我們建議有意於EPO提出專利申請案之申請人，除了必須充分了解新法之相關規定外，必須在專利申請之初即做好全盤規劃，以確保其專利申請能獲得最完全之保障。
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